应用心理学专业开办于2006年，培养具有精神医学教育专业背景、具备心理学基本理论、基本知识、基本技能，同时具备基础医学和临床医学基本知识，能在医疗卫生机构和各级各类学校、企业人力资源机构及相关社会服务机构，从事心理咨询、心理治疗、人力资源开发以及心理健康教育的高级复合型专门人才。
应用心理学的人才培养起源于上个世纪90年代。1993年，学校成立了心理咨询与心理测量中心，面向齐齐哈尔市进行心理测验、心理咨询以及心理治疗服务；1995年，在第一附属医院成立了齐齐哈尔市首家大型综合医院心理门诊，并与齐齐哈尔团市委共同创建了齐齐哈尔市青少年心理咨询中心；2006年，整合第四附属医院的临床治疗力量，在第二附属医院开设了心理卫生研究所、心理咨询中心、临床心理科以及精神科。在开设心理咨询和治疗中心后，有很多喜欢心理学的非专业学生在中心进行观摩和学习，在相关教师的指导下这些学生目前都在从事临床心理咨询和治疗工作。
2012年该专业开办后，经过几年的建设和发展，办学实力不断增强。心理学实验中心设有基础心理学实验室、临床心理学实验室和沙盘游戏治疗室、感觉统合训练室、音乐放松训练室、自闭症干预治疗室以及心理学研究室等，拥有 万元的实验设备与实验软件，具备较好的实验教学和科研条件。2006年《医学心理学》课程被评为省级精品课程，该教学团队2010年被确定为校级教学团队，2009年应用心理学梯队成为齐齐哈尔市重点学科（专业）梯队， 2011年成为齐齐哈尔市市级重点学科带头人梯队，2014年成为齐齐哈尔市市级领军人才梯队；2019年心理学专业被学校确定为校级一流专业，2021年被黑龙江省教育厅确定为省级一流专业，并于当年被省厅推荐参加国家一流专业评审。